Рассмотрены объективные основания перехода к инновационному развитию национальной экономики, в том числе агропромышленного комплекса. Выявлены факторы торомозящие этот процесс в сельском хозяйстве, предложены вариатны развития в среднесрочной перспективе. Сформулированы условия ускоренния инновационного развития. На примере Кубанского госагроуниверситета показана деятельность агровуза инновационного типа, сформулированы предложения по активизации научной деятельности высших специализированных образовательных учреждений.