Рассмотрены объективные основания перехода к инновационному развитию национальной экономики, в том числе агропромышленного комплекса. Выявлены факторы, тормозящие этот процесс в сельском хозяйстве, предложены варианты развития в среднесрочной перспективе. Сформулированы условия ускорения инновационного развития. На примере Кубанского госагроуниверситета показана деятельность агровуза инновационного типа, сформулированы предложения по активизации научной деятельности высших специализированных образовательных учреждений.